Քանի որ Աշոտ Բագրատունու շնորհիվ Հայաստանը անկախացավ, անհրաժեշտ էր ամրապնդել այդ անկախությունը, բայց արաբները համաձայն չէին հայերի անկախության հետ։ Նրանք հարձակվեցին հայերի վրա, սակայն հաջողության չհասան։ Գագիկ Արծրունու և Սյունիքի նախարարության միջև վեճ էր առաջացել Նախճավան գավառի պատկանելության շուրջ։ 908 թ. Յուսուֆը թագ է ուղարկում դժգոհ Գագիկին և հռչակում հայոց թագավոր։ Նրանք միասին ներխուժում են Հայաստան, սակայն հայերը չհանձնվեցին։ Գազազած Յուսուֆը Սմբատին սպանեց և մարմինը խաչեց Դվինի դարպասներին։ Սա անկախությունը կորցնելու լուրջ վտանգ էր ներկայացնում։ Հայ ժողովուրդը կրկին ոտքի կանգնեց։ Արաբները կրկին հարձակվեցին հայերի վրա։ Հայ ժողովրդի պայքարը գլխավորեց Աշոտ 2-րդը, որին ժողովուրդը կոչեց Երկաթ Աշոտ։ Նրա շուրջը համախմբվեցին հայ իշխանները, վերակազմվեց բանակը 921 թ. Սևանի ճակատամարտում Աշոտ Երկաթը ջախջախեց արաբ զորավար Բեշիրի զորքին։ Սևանից նահանջող արաբները պարտություն կրեցին Գառնիի մոտ Գևորգ Մարզպետուն ու փոքրաթիվ ջոկատից։ Աշոտ Երկաթը իր թագադրության վայրը՝ Երազգավորսը դարձրեց մայրաքաղաք: 922 թ. Բաղդադի խալիֆը ոչ միայն թագ ուղարկեց Աշոտին, այլև նրան ճանաչեց շահնշահ (արքայից արքա)։ Դա նշանակում էր, որ հայոց թագավորը գերապատվություն էր ստանում ինչպես հարևան երկրների, այնպես էլ արաբական ամիրայությունների նկատմամբ։
894 թվականին տեղի է ունենում սարսափելի բնական աղետ՝ երկրաշարժ, որի պատճառով Դվին մայրաքաղաքը դառնում է կիսավեր և անպաշտպան։ Երկրաշարժի պատճառով զոհվում է շուրջ 70 հազար մարդ։ Օգտվելով բարենպաստ պայմաններից՝ Աֆշինը նորից զորք է հավաքում և ներխուժում Հայաստան։ Ճակատամարտը տեղի է ունենում Արագածոտն գավառի Դողս գյուղում, որտեղ Աֆշինի զորքերը ջախջախիչ պարտության են կրում և ստիպված լինում խաղաղություն խնդրել Սմբատից։ Հայաստանում հաստատվում է կարճատև խաղաղություն, որը Սմբատն օգտագործում է կենտրոնացված պետություն հիմնելու համար։ 901 թվականին Յուսուֆը արշավում է Հայաստան և գրավում Դվինը։ Սմբատը պաշարում է քաղաքը և հետ գրավում այն․ Յուսուֆը հետ է գնում։ 903 թվականին աբխազները սկսում են ասպատակել Գուգարքը և Վիրքը։ Սմբատը հավաքում է մեծ զորք և արշավում Աբխազաց թագավորություն, գրավում, մի շարք աբխազական գավառներ միացնում է իր երկրին։ Նա միանգամից թագ է ուղարկում Գագիկին և նրան ճանաչում «հայոց արքա»։ Միաժամանակ՝ 909 թվականին Յուսուֆը զորքով ներխուժում է Հայաստան։ Վճռական ճակատամարտը տեղի է 910 թվականին ունենում Ձկնավաճառում, որտեղ Սմբատը պարտվում է, քանի որ դավաճանում են նրան։
Սմբատ Ա-ի որդին՝ Աշոտ Բ Երկաթը, տևական պայքարում վտարել է արաբներին, սանձել կենտրոնախույս ուժերին, միավորել երկիրը։ Անզավակ Աշոտ Բ-ին հաջորդել է եղբայրը՝ Կարսի կառավարիչ Աբասը։ Նա Բագրատունիների արքունիքը տեղափոխել է Կարս, իսկ կաթողիկոսական աթոռը՝ Աղթամար կղզուց Շիրակ։ Աշոտ Գ Ողորմածի օրոք սկսվել է Բագրատունյաց Հայաստանի բարգավաճման նոր ժամանակաշրջան։ Բագրատունիների թագավորությունը տարբեր ժամանակամիջոցներում տարբեր մայրաքաղաքներ ուներ՝ Դվին, Շիրակավան, Բագարան, Կարս, Անի։ Անին շատ արագ մեծացավ, բարգավաճեց, հատկապես՝ Սմբատ Բ Տիեզերակալ արքայի գահակալման տարիներին (977-990)։ Այդ տարիներին Անին, Կոստանդնուպոլսից ու Անտիոքից հետո, իր 120-150.000 բնակչությամբ աշխարհի երրորդ քաղաքն էր։ Հայոց արքաները մեծ ուշադրություն էին դարձնում Անիին, որը պատմական աղբյուրներում հանդես է գալիս որպես «մեծ ու շեն, տիեզերական» մակդիրներով։